Здесь совсем другой уровень игры, поэтому были усилены тренерский и командный составы, и в итоге «Краснодар» завершил сезон на 10-м месте. Домашние матчи проходили на стадионе «Кубань». В том же 2009 году краснодарцы в 1/16 финала Кубка России сыграли дома свой первый большой матч со «Спартаком», на который пришли 16 тыс. человек. Они проиграли 1:2, но аудиторию, прежде болевшую исключительно за «Кубань», завоевали.
А в следующем году команда сделала качественный рывок и оказалась на 5-й строчке итоговой турнирной таблицы чемпионата первого дивизиона. И все же этого было недостаточно для выхода в Премьер-лигу. Однако финансовые проблемы, возникшие сразу у трех команд, позволили-таки «Краснодару» шагнуть наверх.
Так за три года клуб прошел путь с нуля до высшего дивизиона российского футбола и здесь не затерялся. Уже в сезоне‑2013/2014 «Краснодар» занял 5-е место и получил право выступать в еврокубках. Кроме того, клуб вышел в финал Кубка России.
По итогам сезона 2014/2015 команда завоевала первые медали чемпионата России – бронзовые, через год стала четвертой. В том же 2016-м у «Краснодара» появился собственный стадион вместимостью около 35 тыс. человек, один из лучших в России. Рядом построена академия, где занимаются футболом сотни перспективных мальчишек со всей России.
Сезон 2017/2018 черно-зеленые завершили на 4-м месте, что снова, четвертый год подряд, позволило им квалифицироваться в Лигу Европы УЕФА.
Далее «Краснодар» еще дважды занимал в Премьер-лиге призовые третьи места и получал право участия в квалификации Лиги чемпионов – в сезонах 2018/2019 и 2019/2020. Причем в 2020 году удалось добраться до группового этапа.
И это рекорд: за 12 лет от регистрации клуба до Лиги чемпионов прежде не удавалось дойти никому.